地點：中央研究院人文館遠距會議室
時間： 2010/10/7, 9:00-12:00
講員： 中央研究院資訊科學研究所 及資訊創新中心 系統生物與網路生物學實驗室 林仲彥博士 研究團隊
 
 
 

生物醫學與資訊科學的對談- 第一樂章

An overture of the dialogue between Biomedical research and Information Science

 
課程內容簡介：
主題一：建構與註解非模式生物之基因體資料庫，以對蝦基因體資料庫為例 (50 mins)
Topic 1. Construction and Annotation on Non-model organisms. (Sildes)
PAGE: Penaeus Genome Database
參考網站： http://sysbio.iis.sinica.edu.tw/page
Citation: Marine Biotechnology, 2010

主題二：高效率平行BLAST之個人化序列搜尋平台、客製化比對資料庫及搜尋結果管理系統 (50 mins)
Topic 2. Free BLAST to your hands with customized databases and well result viewer. (Sildes)
reference website:
web version: http://mybioweb.nhri.org.tw/myblast
Standalone version for Windows and MAC: http://eln.iis.sinica.edu.tw
Citation: Submitted

主題三：最佳化分子親緣關係分析平台 (50 mins) [slides]
Topic 3. Find the best phylogenetic tree for your own sequences
Reference website: http://palm.iis.sinica.edu.tw
Citation: PLoS ONE, 2009, 4(12): e8116.

 
1.建構與註解非模式生物之基因體資料庫
Construction and Annotation on Non-model organisms. PAGE:  Penaeus Genome 

Database

近年來，由於定序技術的進步，大量的基因序列湧現，除了研究上相關資源比較豐富的模式生物外，其他非模式生物與微生物族群的序列資料，也大幅的增加，然而這些巨量的資料，必須要先去除不相關序列(Vector 與 adapter)並考量定序品質再進行歸類重組，之後利用現有的註解資料與預測工具，來進行基因找尋、功能註解與解析其所牽涉的代謝網路，同時結合其他Omics的資料，才能協助我們瞭解序列背後所代表的生物意義。在此，我們以對蝦類基因資料庫為例，說明如何建置與註解非模式生物之大量序列，並提供系列比對找尋功能。

參考網站： http://sysbio.iis.sinica.edu.tw/page

Citation: Marine Biotechnology, 2010

其他參考網站: Unique Probe Selector (UPS): http://array.iis.sinica.edu.tw/ups (BMC Bioinfo, 2008, 2010)

 
2. 高效率平行化BLAST序列比對平台：myBLAST
myBLAST, a customized BLAST platform for genomics and proteomics with paralleled computing, submitted,
 myBLAST為一個客製化BLAST序列比對平台，使用者可以上傳fasta格式序列，自行建立DNA或是蛋白質資料庫(如16S rRNA與特定立體結構蛋白序列)， 上載大量欲比對序列後，再透過圖像介面的協助，便能以條列式的方式呈現分析的結果，所以能一次解析多條序列的比對分析工作。同時，使用者所建置的資料庫與 比對結果，也都能透過圖像的管理介面，進行下載與篩選，協助後續的研究工作的深入分析。目前此一系統已應用來解析環境基因體(Metagenomics)、基因體(Genomics)、轉錄體(Transcriptomics)與蛋白質體(Proteomics)的分析工作上，亦能透過序列比對的方式，協助使用者找尋同源序列，配合分子演化分析工具(如POWER與PALM)來進行親緣分析。
除了web平台外，研究小組也針對有資料安全需求的實驗室或是個人，設計一套可安裝於一般windows平台，客製化BLAST平行運算高效能比對系統，可協助使用者快速地建立myBLAST網站，並以平行化技術驅動多核CPU，充分發揮PC的運算能力，減少大量計算所需耗用的時間，所建置之資料庫與所得結果，都能透過網路與研究伙伴一同分享，加速研究的進程。

線上網站: http://mybioweb.nhri.org.tw/myblast
單機版網站: http://eln.iis.sinica.edu.tw
線上使用說明影片： http://eln.iis.sinica.edu.tw

其他參考網站：AfterGenBank: http://aftergenbank.nhri.org.tw (Submitted)

3. 最佳化分子親緣關係分析平台
PALM: Phylogenetic Reconstruction by Automatic Likelihood Model Selector (PLoS ONE, Dec 7, 2009)
一直以來，演化模型的選取，都是建構親緣樹的重要關鍵，不同的模型往往會造成樹型拓樸的差異，進而影響後續的生物意義推論。PALM為一個自動選擇最佳演化模型之生物分子親緣關係分析平台，應用多核心平行技術，可加速運算效能，縮減所需時間為原來的六分之一，目前提供多達56種DNA演化模型及112種蛋白質演化模型，可供本系統同時評估，依其統計結果擇取最佳模型再輔以Bootstrap分析，並進一步提供互動式親緣樹檢視介面，方便使用者對親緣樹型進行翻轉、交換，同時也可以透過圖像化方式刪除與新增分析序列，再次進行新的分析工作。分析流程中所用的參數與產出檔案，都與圖像化結果被紀錄在報表網頁中，可供使用者下載並進一步利用。PALM以極具親和性的介面，大大地減少使用者在進行複雜多演化模型分析的難度與時間，使得生物學家能以更具統計意義的演化模型，來解釋所建構出來的親緣關係與其中所包含的生物意涵。

參考網址: http://palm.iis.sinica.edu.tw
簡介影片： http://palm.iis.sinica.edu.tw/demo.html 或是參閱主網頁的Demo連結

相關參考網站：POWER: http://power.nhri.org.tw (Nucleic Acids Research, 2005)