上課時間:
上課教室:國立台灣大學生命科學館3樓TechComm
課程大綱:蝦類白點症病毒(WSSV)為一嚴重危害全球養蝦產業的甲殼類大型雙股DNA病毒。本課程是以WSSV和蝦宿主為研究模式，教導學員如何應用基因體學的相關技術—如EST資料庫和生物晶片，來研究病毒感染宿主後，病毒和宿主的基因表現變化情形，希望從這些分析中建構出病毒和病毒、病毒和宿主間的基因網絡(Gene network) ，進一步了解病毒的複製模式和宿主的抗病毒策略。本教學提案主要的目標在於: (1) 訓練學員進行EST資料庫和生物晶片分析，(2)使學員具備基因網路的概念。希望經由此課程，可以培養國家未來系統生物學的人才，以及使學生具備更廣泛的科學視野。實做部分將應用台大建構之蝦基因晶片進行樣品研究、數據分析及利用生物資訊建構基因網絡。
課程schedule:
投影片:
R語言的簡單介紹及功能[pdf]
R的package安裝及基本操作[pdf]
系統生物學中高資料量篩檢技術簡介[pdf]
系統生物學中生物網路的分析[pdf]
如何用R操作生物晶片的基本分析流程[pdf]
生物晶片與生物資料庫的連結及基因網路的圖像化[pdf]
生物網路的解析及分析工具[ppt]
準備工作:
R的下載網頁[link]
相關環境及raw檔的壓縮檔[zip]
請解壓縮到C:\
another raw file[gpr]
團體照[jpg]
=========更新=======
之前在ANOVA的階段有一個function沒有寫到，現在已經補上去
請直接在R中執行以下程式碼
source("./files/function_20080812.txt")
有問題可以寫信到wyubin@hotmail.com詢問