上課時間:
08:30 ~ 18 :50
上課教室:
國立台灣大學生命科學館4樓R419
課程大綱:
蝦類白點症病毒(WSSV)為一嚴重危害全球養蝦產業的甲殼類大型雙股DNA病毒。本課程是以WSSV和蝦宿主為研究模式，教導學員如何應用基因體學的相關技術—如EST資料庫和生物晶片，來研究病毒感染宿主後，病毒和宿主的基因表現變化情形，希望從這些分析中建構出病毒和病毒、病毒和宿主間的基因網絡(Gene network) ，進一步了解病毒的複製模式和宿主的抗病毒策略。本教學提案主要的目標在於: (1) 訓練學員進行EST資料庫和生物晶片分析，(2)使學員具備基因網路的概念。希望經由此課程，可以培養國家未來系統生物學的人才，以及使學生具備更廣泛的科學視野。實做部分將應用台大建構之蝦基因晶片進行樣品研究、數據分析及利用生物資訊建構基因網絡。
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日 期 |
時間 |
講題 |
授課老師 |
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(一) |
08:30-10:10 |
講授：蝦轉錄體學技術簡介 |
羅竹芳 呂健宏 |
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10:30-12:10 |
實作：對蝦類基因資料庫的使用 |
羅竹芳 呂健宏 |
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13:30-15:30 |
講授：利用BIO301 進行EST資料庫分析 |
林文鐽、 陳彥成(校外) |
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15:50-18:50 |
實作：利用BIO301 進行EST資料庫分析 |
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(二) |
08:30-10:10 |
講授：草蝦dsDNA晶片的設計、使用與分析 |
羅竹芳 呂健宏 黃俊諺 |
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10:30-12:10 |
實作：晶片訊號的讀取與初步結果分析 |
羅竹芳 呂健宏 黃俊諺 |
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13:30-15:30 |
講授：生物晶片的基本分析流程[pdf] |
王育彬(校外) |
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15:50-18:50 |
實作：R的package安裝及基本操作[ppt] |
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(三) |
08:30-10:10 |
講授：系統生物學中高資料量篩檢技術簡介[pdf] |
陳淑華(校外) |
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10:30-12:10 |
講授: 系統生物學中生物網路的分析[pdf] |
林仲彥(校外) |
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13:30-16:30 |
實作: 如何用R及資料庫分析生物晶片[pdf] |
王育彬(校外) |
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(四) |
08:30-10:10 |
講授：Genespring分析軟體 |
李?樑(校外) |
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10:30-12:10 |
實作：Genespring分析 |
李?樑(校外) |
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13:30-16:30 |
王育彬(校外) 吳信宏(校外) |
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(五) |
09:00-11:00 |
講授: 生物網路的解析及分析工具[ppt] |
吳信宏(校外) |
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14:00-17:00 |
總結、討論、考試 |
羅竹芳、康詩婷 |
準備工作:
R的下載網頁[link]
biogo download for cytoscape[link]
團體照[jpg]
課後練習:(請選一題作答...)
1. 請列出Normalization的兩種主要"類型",並於每種類型中各列出一個方法,並描述這些方法可以對資料有哪些修正效果?
2.請嘗試說明本實驗室開發的兩個系統"Hubba"及"UPS"在生命科學上的應用?
update:
1. add 系統生物學中高資料量篩檢技術簡介's ppt(7/24)
2. modify 系統生物學中高資料量篩檢技術簡介's pdf(7/27)