開啟生醫文獻的「鳥瞰視角」：讓 AI 穿透迷宮，揭示深層生物學脈絡(In Chinese)(實體課程)

2026-06-04（四）
 

NetMedEx 是一套以 Docker 為基礎的工具，透過 PubTator3 從超過 3500 萬篇 PubMed 文獻中擷取資訊，建立可互動的生物概念網絡，以整合散落於文獻中的基因、化合物與疾病等生物資訊。

其核心創新為結合 Hybrid RAG 的互動式 Chat Panel，同時整合語意檢索（文獻摘要向量搜尋）與圖論拓撲分析（如最短路徑與社群偵測），讓研究者能以對話方式動態探索生物概念間的關聯，並獲得結合文獻證據與網絡結構的分析結果。

在骨質疏鬆案例研究中，NetMedEx 成功辨識中草藥透過 miRNA 調控影響骨生成途徑的潛在機制，揭示化合物、miRNA 與骨生成路徑之間的交互作用，展現其於文獻探索與假說生成上的應用價值。

相關程式網址與說明文件，請參閱GitHub: https://github.com/lsbnb/NetMedEx  。

重要提醒：

請事先查看NetMedEx的網站，最好能自行申請到本次上課會使用的API Key（Open AI 為佳），這樣屆時才能充分發揮這一個平台的力量。請參考連結：https://github.com/cylin2022/NetMedEx#setup-ai-engine