快速病原檢測開發平台
病原檢測晶片與基因晶片線上設計系統
USP is a probe design tool for hybridization in low and high throughput experiments. UPS selects unique probe for submitted sequences and evaluates probe-to-target hybridization under a user-defined condition in silico to ensure the high performance of hybridization as well as low possibility of non-specific reaction.
UPS為高專一度探針線上設計工具，所設計的探針可用於小規模核酸雜交實驗，如南方墨點法，或微陣列晶片般的大規模雜交實驗，並可應用於環境基因體學、非模式生物基因體之基因表現，與病原體檢測等的小型晶片設計。
新一代藥物標的鑑定系統
複雜生物巨分子交互網路分析平台
Hubba is a powerful prediction tool for hub/essential proteins with a user-friendly interface. Hubba can decipher the critical keys inside biochemical pathways and complex network, there will be significant clues to provide candidates for gene knockout and potential drug-targets for developing novel treatment in cancer cells and emerging pathogens. Here we also converted Hubba into cytoHubba, a Cytoscape Plug-in for Hub Object Analysis in Network Biology
Hubba線上分析平台，可用以分析生物複雜網路交互作用系統中的重要樞紐分子，以圖像化手法呈現重要性來對樞紐蛋白質排名，並顯示這些重要結點之間的關連性，協助辨識疾病細胞內與感染過程中的重要網路次模組，及特定基因群所關連的小網路，提供網路醫學研究與新的治療方法的開發。為了利用Cytoscape的輔助與其軟體能見度，與cytoscape平台其他plug-in 的協助，我們將hubba變成cytoscape的一個分析模組，稱為cytoHubba 得以提供更多生物學家對龐大的基因網路，採取更精闢、便利的分析，進而提升生物網路分析的準確度。
最佳化分子親緣關係分析平台
paralleled mechanism
自動選擇最佳演化模型化之生物分子親緣關係分析平台，共有56種DNA演化模型及112種蛋白質演化模型，可供本系統同時評估，Compute the Hubba Score 並提供互動式親緣樹檢視介面及平行化運算機制
實驗室電子記錄本
將實驗室中所產生的各種紀錄，以電子化方式儲存於網路伺服器/筆記型電腦/USB 隨身碟，並經由瀏覽器方便管理、分享、搜尋、備份、列印，及與研究伙伴線上討論相關問題
Two kinds of version will be provided in the future:
1. For group use: Linux-based version
2. For small group/personal use: USB-ELN, windows/ Macbased version
將提供兩種ELN 版本:
1. 大型實驗室群組版本: 相容於Linux 平台環境
2. 中小型實驗室與個人單機版本: USB-ELN, 可相容於微軟視窗/麥金塔 作業環境
更多線上研究成果(More Achievements available on Web)：
每個系統平台都有動畫短片簡介，協助您快速上手，並利用它來進行您的重要研究。
There are quick views (flash clips) for each system in 3-5 minutes. You can know them in few minutes, then perform them on your own researches.
- PDA Primer design Assistant (PDA), for PCR primer design, NAR2003
- hp-DPI Database of Protein Interactome of Helicobacter pylori, Bioinformatics, 2005
http://dpi.nhri.org.tw/hp
- flyDPI Fly-DPI, Database of Protein Interactome of Drosophila melanogaster, BMC bioinformatics, 2006
http://flydpi.nhri.org.tw
- POWER POWER, phylogenetics web repeater, NAR, 2005
- myBLAST (web version), a BLAST platform with customized databases and results management, submitted
- MOLAs MOLAs, Microarray Online Analysis system
- Hunter, A hub-attachment based method to detect functional modules from confidence-scored protein interactions and expression profiles, BMC Bioinformatics, 2010,
http://hub.iis.sinica.edu.tw/Hunter,
以基因表現資料 與蛋白質交互網路來找出具生理功能的蛋白質複合體
- Clustering, Assembly of Protein Complexes by Integrating Graph Clusterings, Submitted
- AfterGenbank, Annotation-Feature Extractor from Genbank, Submitted
An updated, value-added data gateway of gene information derived from GenBank database, submitted, http://aftergenbank.nhri.org.tw,
以圖像化方式擷取特定基因特徵或物種之核酸或蛋白質序列，並提供下載與序列比對，可快速擷取如Microbial 16s rRNA 等大量序列，可供環境基因體(Metagenomics)研究鑑別特定序列群中物種組成所用
- PAGE Penaeus Genome Database, Marine Biotechnology, 2010
http://sysbio.iis.sinica.edu.tw/page
- HUNTER A hub-attachment based method to detect functional modules from confidence-scored protein interactions and expression profiles, BMC Bioinformatics, 2010