2012 中央研究院 生命科學圖書館 生物資訊教育推廣

 

地點:中央研究院人文館遠距會議室

時間: 2012/11/16, 9:00-12:00

講員: 中央研究院資訊科學研究所 及資訊創新中心 系統生物與網路生物學實驗室 林仲彥博士 研究團隊

 

第三章 高通量生物網路解析與實驗室智慧雲端化

Chapter 3. Rewire the biological complex and Digitize your research works

9:00-9:20: 林仲彥  博士 (Chung-Yen Lin Ph.D.)

中央研究院資訊科學研究所與資訊創新中心

系統網路生物實驗室 (http://eln.iis.sinica.edu.tw)

內容:簡介實驗室相關研究生物資訊系統平台與資料庫

 

第一部份: 複雜生物網路的解析 (投影片下載)

Session I:  Decipher the essentials and sub-networks from complex biological networks for drug target selection 

9: 20 -10:10 金家豪博士 (Dr. Chia-Hao Chin)

中央研究院高明達研究員實驗室

 

內容:  整合多種拓樸演算法方式來解析複雜生物網路,找出其中關鍵分子或是重要次網路,除了能進一步瞭解其中所代表的生物意義外,也可協助藥物標的的選取。這些平台,目前被多個國際免疫研究團隊用來解析innate immune system 的蛋白質網路,也被應用在感染過程中宿主與病毒之間的交互作用分析,瞭解病毒蛋白所挾持的宿主蛋白複合體的生物功能。除此之外,也能被利用在社會網路與社群網路的分析上。

 

生物資訊平台:

 

 

第二部份:電子實驗室記事本

Session II: Digitize your experimental designs and results into wisdom from Discovery to Publication 

10:20 - 11:10 黃智偉 先生 (Mr. Tima, Chi-Wei Huang)

中央研究院系統網路生物實驗室

 

內容:將實驗室中所產生的各種紀錄與大量數據,以電子化方式儲存於網路伺服器/一般桌上型/筆記型電腦,可藉由一般電腦、筆記型電腦與移動式裝置如智慧型手機與平板電腦等,透過一般的網路瀏覽器就可以來存取相關內容與研究數據,以高親和性介面,協助使用者管理、分享、搜尋、備份、列印,及與國內外研究伙伴線上討論相關問題,讓實驗室的眾多智慧、想法與研究歷程得以紀錄回顧與交互串連,不受時空與人員異動的影響,進而激盪出新的成果與方向。此一系統,除可供個人使用外,亦可建置成為一般實驗室內部與對外網站,並可作為國際合作研究平台,目前研究團隊正進行雲端版本的開發,與優化移動式設備(smart phone, ipad etc)的存取介面,讓實驗室的智慧結晶得以快速存取與整合,並隨時上傳新的想法與心得,即時分享給研究伙伴,加速研究的進展。

 

平台: Electronic Laboratory Notebook (ELN) (影音簡介)

下載:Windows, Mac, Linux/ Cloud version (Coming soon)

 

 

第三部份:高效率平行化BLAST序列比對平台myBLAST

Session III: myBLAST, a customized BLAST platform for genomics and proteomics with paralleled computing 

11:20 - 12:00 呂怡萱 小姐 (Ms. Linda, I-Hsuan Lu)

中央研究院系統網路生物實驗室

內容: myBLAST為一個客製化BLAST序列比對平台,使用者可以上傳fasta格式序列,自行建立DNA或是蛋白質資料庫(如16S rRNA與特定立體結構蛋白序列),同時這些已建立之資料庫可重複使用,在上載大量欲比對序列後,可透過圖像介面的協助,執行不同類型的序列比對(blastn, Megablast, blastp,blastx, tblastx ...),以條列式的方式呈現分析的結果,並能留存並加以註解,與後續的分析結果協同比對。同時,使用者所建置的資料庫與比對結果,也都能透過圖像的管理介面,進行下載與篩選,協助後續的研究工作的深入分析。前此一系統已應用來解析環境基因體(Metagenomics)、基因體(Genomics)、轉錄體(Transcriptomics)與蛋白質體(Proteomics)的分析工作上,亦能透過序列比對的方式,協助使用者找尋同源序列,配合分子演化分析工具(如POWER與PALM)來進行親緣分析。除了web平台外,研究小組也針對有資料安全需求的實驗室或是個人,設計一套可安裝於一般windows平台,客製化BLAST平行運算高效能比對系統,可協助使用者快速地建立myBLAST網站,並以平行化技術驅動多核CPU,充分發揮PC的運算能力,減少大量計算所需耗用的時間,所建置之資料庫與所得結果,都能透過網路與研究伙伴一同分享,加速研究的進程。

線上網站: http://mybioweb.nhri.org.tw/myblast
單機版網站: http://eln.iis.sinica.edu.tw (MAC/ Windows)
線上使用說明影片: http://eln.iis.sinica.edu.tw (影音簡介)

範例檔案: (請按右鍵另存新檔) DB (30M, Human Swissprot sequence) , Query Sequence